北京空 軍總醫院主要承擔空 軍飛行人員航空病、常見病診療防治研究及醫學鑒定任務；承擔預備航天員的體檢選拔任務；承擔空 軍部隊及聯勤部隊官兵的健康保障和疾病救治；還面向人民群眾提供優質醫療服務。已發展成為一所集醫療、教學、科研和預防保健為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。
北京空 軍總醫院專業人才璀璨，現擁有全軍科技領軍人才培養對象1人，空 軍首席專家1人，空 軍級專家13人，高層次科技人才75人；18人享受政府特殊津貼。副主任醫師以上專業技術人員近300人，博士、碩士研究生學歷近400人。醫院是空 軍軍醫大學、安徽醫科大學等10余所高等院校的臨床教學醫院；醫院11個專業獲批為住院醫師規范化培訓基地；擁有博士、碩士研究生導師120多名；博士、碩士聯合授權點34個；在站博士后10余名，在院研究生、實習生、進修生及住院醫師600余名，已成為軍隊醫學人才的重要基地。
北京空 軍總醫院積極追蹤醫學前沿，開展了肝、腎移植，胰腎聯合移植，眼角膜移植等多器官移植應用研究；半相合骨髓移植、干細胞移植臨床研究；三維適形定向放射治 療腫瘤應用研究；纖維內窺鏡技術應用研究；各種激光治 療技術應用研究；飛行員飛行心理指導干預；以及腹腔鏡、關節鏡等各類介入微創技術等。
北京空 軍總醫院皮膚科組建于1980年，于2013年擴建為皮膚病醫院。現為國家中醫藥管理局中西醫結合皮膚病重點學科、全軍皮膚病研究所、國家衛生部藥品臨床研究基地、國家FDA行政許可檢驗機構、首都皮膚科疑難病診療中心、中國醫師協會激光美容培訓基地、北京市皮膚科醫師培訓基地、全軍皮膚病專業委員會和全軍中醫藥學會皮膚病專業委員會主任委員單位。
