北京空 軍總醫院主要承擔空 軍飛行人員航空病、常見病診療防治研究及醫學鑒定任務；承擔預備航天員的體檢選拔任務；承擔空 軍部隊及聯勤部隊官兵的健康保障和疾病救治；還面向人民群眾提供優質醫療服務。已發展成為一所集醫療、教學、科研和預防保健為一體的大型現代化綜合性三級甲等醫院。
北京空 軍總醫院學科設置齊全，擁有50多個臨床、醫技科室，擁有皮膚科、中西醫結合正骨科、中醫科3個國家中醫藥管理局重點學科和專科、專病中心，1個全軍皮膚病研究所，8個全軍醫學專科、專病中心，1個國家臨床試驗機構及全軍臨床藥理基地，設有飛行學員醫學選拔中心及一批特色學科。
北京空 軍總醫院專業人才璀璨，現擁有全軍科技領軍人才培養對象1人，空 軍首席專家1人，空 軍級專家13人，高層次科技人才75人；18人享受政府特殊津貼。副主任醫師以上專業技術人員近300人，博士、碩士研究生學歷近400人。醫院是空 軍軍醫大學、安徽醫科大學等10余所高等院校的臨床教學醫院；醫院11個專業獲批為住院醫師規范化培訓基地；擁有博士、碩士研究生導師120多名；博士、碩士聯合授權點34個；在站博士后10余名，在院研究生、實習生、進修生及住院醫師600余名，已成為軍隊醫學人才的重要基地。
北京空 軍總醫院現有3個國家中醫藥管理局重點學科（皮膚病重點學科、脊柱軟傷專科和代謝病重點專科）、3個軍隊臨床重點專科（口腔、皮膚、航空臨床醫學）、8個全 軍醫學專科（專病）中心（臨床航空醫學、中西醫結合正骨、半匹配骨髓移植、腫瘤放療、小腸疾病內鏡診治、泌尿微創診療、優生優育技術指導、心理技術指導中心）、18個專業實驗室，主要面向全軍承擔特殊職業病研究、預防、診治和應急支援保障任務，承擔招收飛行學員體檢和飛行人員航空醫學鑒定、訓練任務及上級賦予的其他任務。
