北京空 軍總醫院學科設置齊全，擁有50多個臨床、醫技科室，擁有皮膚科、中西醫結合正骨科、中醫科3個國家中醫藥管理局重點學科和專科、專病中心，1個全軍皮膚病研究所，8個全軍醫學專科、專病中心，1個國家臨床試驗機構及全軍臨床藥理基地，設有飛行學員醫學選拔中心及一批特色學科。
北京空 軍總醫院積極追蹤醫學前沿，開展了肝、腎移植，胰腎聯合移植，眼角膜移植等多器官移植應用研究；半相合骨髓移植、干細胞移植臨床研究；三維適形定向放射治 療腫瘤應用研究；纖維內窺鏡技術應用研究；各種激光治 療技術應用研究；飛行員飛行心理指導干預；以及腹腔鏡、關節鏡等各類介入微創技術等。
北京空 軍總醫院共編設50多個臨床、醫技科室，展開床位1500多張，年門診量200多萬人次，收治量約4萬人次，手術1.8萬臺次。有空 軍級專家3人，空 軍高層次科技人才75人。擁有PET-CT、640排CT、高低場核磁、2微米激光腔鏡治 療系統等高 端科研醫療設備。
北京空 軍總醫院現有3個國家中醫藥管理局重點學科（皮膚病重點學科、脊柱軟傷專科和代謝病重點專科）、3個軍隊臨床重點專科（口腔、皮膚、航空臨床醫學）、8個全 軍醫學專科（專病）中心（臨床航空醫學、中西醫結合正骨、半匹配骨髓移植、腫瘤放療、小腸疾病內鏡診治、泌尿微創診療、優生優育技術指導、心理技術指導中心）、18個專業實驗室，主要面向全軍承擔特殊職業病研究、預防、診治和應急支援保障任務，承擔招收飛行學員體檢和飛行人員航空醫學鑒定、訓練任務及上級賦予的其他任務。
