令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
令狐恩強說，在2010年前后，我國提出消化內鏡診治新模式的概念，來踐行早診早治的理念。一方面是把檢查切入點從有癥狀期提前到無癥狀期，另一方面則是形成以消化內鏡治 療為主，外科手術切除為輔，放化療為補充的一套全新的治 療概念。該理念保證了患者能在早期就能被發現，并進行有效的內鏡下治 療，具有良好的社會意義和經濟效益。
令狐恩強指出，近幾年，隨著消化內鏡技術的快速發展，我國已從微創外科到超級微創外科的過渡。現在廣義上的微創手術指的是微小創口的外科手術。然而微創發展到今天，它的概念已經改變：相對于開腹、開胸而言，微創是用腹腔鏡、胸腔鏡等內鏡對患者病變部位進行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內鏡技術的發展，我們現在強調：在保留組織解剖結構完整和保證器官功能的基礎和前提下，可能性地切除病變部位，從而達到患者的目的。這我們稱之為“超級微創”，這也是未來醫學的發展趨勢。
與外科手術比較，消化內鏡技術便是一種超級微創醫療技術。隨著臨床醫學與迅速發展的光機電信息科學、材料科學以及生物工程科學等領域高新技術的有機結合，有越來越多的手術在內鏡下完成，進而成為消化道疾病的常規方法。
