消化腫瘤內科專注于胃腸道腫瘤的，以臨床研究推進臨床實踐，以人才培養帶動學科發展。專長于胃癌、結直腸癌、食管癌、胰腺癌、胃腸間質瘤、神經內分泌腫瘤、膽道腫瘤、肝癌等，以及難治性消化系統腫瘤的診斷與、綜合及個體化。消化腫瘤內科擁有60多張病床，2013年接診3萬余人次。患者來自全國各地以及海外。科室專業技術實力雄厚，特別在胃癌、食管癌等中國高發腫瘤以及結直腸癌的，我們積累了豐富的經驗，水平居于國內地位，病人在這里能享受到的醫療服務、的策略與方案。我們還為國內各大腫瘤專科醫院培養了數百人的研究生及進修醫生，推動了國內消化道腫瘤的規范化。同時我們基于臨床問題開展的臨床研究，以及牽頭承擔的數十項國家、省市級科研項目，提升了國內整個臨床水平，促進了學科發展。
北京大學腫瘤醫院介入科創建于1996年，是一個獨立的、有鮮明特色的臨床科室。目前介入病房有34張床位，醫師13人，其中正高職稱醫生2人，副高職稱5人，中級職稱4人，住院醫師3人，在讀研究生4人。科室配備了GE大平板血管造影系統(4100IQ)，具有大視野DSA功能、三維血管成像和CBCT成像功能，三維血管容積成像使經血管的腫瘤介入準確性和性明顯提高，同時完成的CT斷層重建使經皮穿刺介入功能進一步完善。目前正在安裝配置國際Siemens Miyabi Angio-CT系統，該系統具有滑動64層螺旋CT功能和大平板數字化減影功能，并實現CT和DSA的真正融合，是現代影像學引導介入的典范，推動該科的介入達到國際先進水平。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
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