胃腸腫瘤中心一病區是北京腫瘤醫院以胃癌、結腸癌和直腸癌診治為主的外科臨床科室。1976年建所初期成立的腫瘤外科腹部外科專業組即為現在胃腸腫瘤中心一病區的前身，是腫瘤研究所成立初期幾個主要病種防治研究專業之一。
胃腸腫瘤中心一病區現有病床33張，醫護人員37名，其中主任醫師4人，副主任醫師2人，主治醫師5人，住院醫師8人，護士18 人。學科帶頭人季加孚教授，科室副主任李子禹教授，任暉任護士長。
醫療特長及優勢：以患者的個體化為宗旨，積極推廣胃腸腫瘤的規范化手術，重視綜合，提倡人性化服務。胃癌的標準D2根治手術、圍手術期綜合、胃腸道腫瘤微創手術、胃腸道腫瘤的腹腔鏡探查術、胃癌手術中的納米碳淋巴結示蹤技術、早期胃癌的EMR/ESD內鏡下、腹腔熱灌注化療及直腸癌的術前放療等已成為科室特色的常規手段。
現科室年門診量近13000人，病房年收治患者近1300人，手術量近800臺。其中胃癌患者約占2/3，結直腸癌患者約占1/3。規范細致的手術操作、合理的綜合、豐富的病例管理經驗和人性化的護理是患者療效為可靠的保障。
乳腺癌預防中心提供乳腺腫瘤診斷及方面的醫療服務。本中心于1998年在北京市重點學科專項資助下組建。2004年結構調整，成為具備乳腺腫瘤診治功能的一級臨床科室，功能涵蓋乳腺癌篩查，乳腺病變的診斷，原發性乳腺癌、隨訪及康復指導，復發性乳腺癌，同時開展相關臨床與基礎研究。
2021年科室醫生總人數30人，正高職稱人數6人，副高職稱人數8人，中級職稱人數13人，初級師人數3人。按學歷劃分：博士21人，碩士4人，本科4人，專科1人。科室主任：歐陽濤，副主任：范照青、何英劍。護士長：于新穎、徐京燕、孫紅娟。
本中心由門診診室4間、住院床位64張、門診穿刺室、超聲影像診斷室等部分組成。
“依據循證醫學原則，結合研究成果，提供規范的、專業化的醫療服務，保障乳腺腫瘤的總體療效”是“中心”的任務，“提供高品質的醫療服務，做出有指導意義的研究成果”是“中心”團隊追求的目標。
北京大學腫瘤醫院胸部腫瘤內二科以肺癌、惡性胸腺瘤、胸膜間皮瘤等為主要病種，具有豐富的臨床經驗、先進的理念，規范基礎上的個體化診療為特點。科室追蹤國際研究進展，結合數十年臨床經驗，為患者量身打造規范合理的綜合方案，擅長各種類型肺癌的內科及綜合(化療、靶向)，規范的癌癥疼痛處理及姑息，同時開展氣管鏡診治肺部腫物。我科每周與胸外科、放療科、介入科、中醫科、影像科、病理科、核醫學科進行肺癌多學科聯合會診，為患者提供、便捷合理的綜合診治安排。
胸部腫瘤內二科形成了高學歷高素質、以患者為中心、積極進取的醫療團隊，訓練有素、敬業有愛心的護理團隊，全科醫護人員30人，醫師中具有博士學歷者占70%。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
