一、制藥工業污染物排放標準體系由6個分標準組成，即發酵類、化學合成類、提取類、中藥類、生物工程類和混裝制劑類。
發酵類制藥廢水來源于發酵、過濾、萃取結晶，提煉、精制等過程。該類廢水成分復雜，碳氮比失調，可生化性較差，并含有大量硫酸鹽、效價及其降解物等生化抑制物。
化學合成類制藥廢水是用化學合成方法生產和制藥中間體時產生的廢水。廢水水質水量變化大，pH變化大，污染物種類多，成分復雜，可生化性差，含有難降解物質和有抑菌作用的，有毒性、色度高。
提取類制藥廢水包括從母液中提取后殘留的廢濾液、廢母液和溶劑回收殘液等。廢水成分復雜，水質水量變化大，pH波動范圍較大。
二、中藥類廢水產生于生產車間的洗泡蒸煮藥材、沖洗、制劑等過程。該類廢水有機污染物含量高，成分復雜，難于沉淀，色度高，可生化性好，水質水量變化大。
生物工程類制藥廢水是以動物臟器為原料培養或提取菌苗血漿和血清及胰島素胃酶等產生的廢水。廢水成分復雜，COD、SS含量高，水質變化大并且存在難生物降解且有抑菌作用的。
混裝制劑類制藥廢水來源于洗瓶過程中產生的清洗廢水、生產設備沖洗水和廠房地面沖洗水。該類廢水水質較簡單，屬于中低含量有機廢水。
制藥工業廢水主要包括生產廢水、合成生產廢水、中成藥生產廢水以及各類制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水四大類。
三、制藥廢水水質特點
制藥廢水水質特點主要有以下幾點：①排水點多，高、低濃度廢水單獨排放，有利于清污分流;②高濃度廢水間歇排放，需要較大的收集和調節裝置;③污染物濃度高;④碳氮比低，不利于提高廢水生物處理的負荷和效率;⑤含氮量高，影響COD去除;⑥硫酸鹽濃度一般較高，給廢水厭氧處理帶來困難;⑦廢水中含有微生物難以降解、甚至對微生物有抑制作用的物質;⑧水一般色度較高。
廢水色度高、含多種難降解及生物毒性物質，且廢水中殘留的會對環境造成潛在的影響。中成藥生產廢水中含有大量的多環芳烴類物質，COD高可達8000～9000mg/L，BOD 高可達2500～3000mg/L，廢水水質水量變化較大。合成生產廢水組分復雜，有機污染物濃度高，且含有大量有毒有害物質，對生物活性具有較大的抑制作用，處理難度大。各類制劑生產過程中的洗滌水和沖洗廢水，相對制藥過程中其他廢水而言，有毒有害有機物濃度大大降低，毒性較低，易于處理，可將其與其他生產廢水一同處理。
四、制藥廢水的危害
制藥廢水未經處理或處理未達到放標準而直接進入環境，將造成嚴重的危害。制藥廢水中難降解有機物含量多，且大多具有較強的毒性和“三致”作用，這些難降解污染物排入水體后，長時間殘留在水體中，并通過食物鏈積累、富集，終進入人體產生毒性。當有機物含量過大，生物氧化分解所消耗氧的速率超過復氧速率時，將使水體缺氧，從而造成水體中好氧水生物死亡，使厭氧微生物消化產生甲烷、硫化氫等物質，進一步抑制水生生物，使水體發臭。
五、制藥廢水處理工藝
制藥廢水的處理難點在于廢水中的某些成分有可能抑制微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是制藥廢水處理過程中面臨的首要問題。目前，制藥廢水的處理方法主要有物理化學法、化學法和生化法以及組合處理工藝。
1、物化法 物理化學法可以作為預處理手段提高廢水的可生化性，也可作為深度處理方法使出水達標排放。主要的物理化學處理法有混凝、吸附、氣浮、離子交換及膜分離法等。
2、化學法 化學法是廢水處理設備的傳統方法，目前以氧化法、電解法以及高級氧化法等比較常見。
3、生化法 在制藥廢水處理過程中，單獨采用好氧或厭氧生物處理法往往不能達到預期的處理效果，所以常用多種方法的組合處理工藝以達到排放標準。