醫院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科，變態反應科為國家衛生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫眼科學為國家中醫藥管理局批準的中醫重點學科。
在臨床相關研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網膜病變發病機制的研究，視網膜下人工假體植入技術及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質組學分析，黃斑營養不良的致病基因定位研究，年齡相關性黃斑變性發病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續不斷的獲得了多項及省部級課題經費的支持。發表了系列高質量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫院眼底專科堅持以臨床服務為根本，以科研創新為導向，醫療、教學、科研、預防發展的目標，推動了創新型的科學研究工作的持續開展和學科臨床服務水平的不斷提高。
北京同仁醫院眼外傷專科是一支歷史悠久、人才梯隊完整、集醫教研防一體、臨床特色鮮明的學科。眼外傷團隊是一個充滿朝氣、認真負責、團結向上、精誠合作、注重傳承與發展的隊伍!全科同仁以挑戰疑難眼病、救治瀕危眼球為己任，業務上精益求精，科研上勇于探索，繼續努力不懈地為國內外患者提供高質量的服務，以不斷創新的進取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。
北京同仁醫院眼科屈光手術中心在原衛生部的批準和支持下，于1993年率先在國內開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光專科，是國內，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。
中心擁有一支實力雄厚的專業技術團隊，現有醫生8人，醫技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫師3人，副教授和副主任醫師4人，主治醫師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發癥處理方面的經驗。
