制藥凍干機適用大部分病菌、芽孢桿菌、病毒感染、噬菌體、立克次體、和酵母菌等真空泵冷凍干燥儲藏，但是不適合黃曲霉菌的型、菌類、藻類植物和瘧原蟲等。其操作方法如下所示：
1、安瓿管提前準備
安瓿管原料以中性化夾層玻璃合適。清理安瓿管時，首先用2%硫酸泡浸留宿，飲用水沖干凈后，用純凈水泡浸至pH中性化，干后、貼標簽，標出來菌號及時長，添加藥棉塞后，121℃下高壓15-20min，預留。
2、保護劑的挑選提前準備
保護劑類型應該根據微生物菌種類型挑選。配置保護劑時，需要注意其濃度值及pH值，及其方法。如血清蛋白，可以用過濾；牛乳先要脫油，用離心式方式除去頂層植物油脂，一般在100℃間歇性燒開2-3次，每一次10-30min，預留。
3、干凍樣品提前準備
在zui合適的培養條件下將細胞培養基至靜止期或成熟，開展純凈度檢查的時候（參照國家科技部當然高新科技資源共享平臺協同管理方法辦公室文件《微生物菌種純度檢測技術規程》（實施）），與保護劑攪拌均勻，分裝。微生物培養物濃度值以體細胞或胞子不得少于108-1010個/ml合適（以大腸埃希菌為例子，為了能獲得每毫升1010個體細胞菌液2mL-2.5mL，僅需10mL瓊脂粉斜坡兩只）。選用比較長的孔狀滴定管，立即滴進安瓿管底端，切記不能濺污上端壁厚，每管分裝量約0.1-0.2mL，倘若球型安瓿管，裝量為大半個球部。倘若液體培養的微生物菌種，應離心式除去培養液，再將培養物與保護劑攪拌，再分裝于安瓿管內。分裝安瓿管時長要盡量短，在1-2小時之內分裝結束并預凍。分裝時要注意在無菌檢測環境下實際操作。
4、預凍
一般預凍2個小時以上，溫度做到-20℃到-35℃以內。
5、冷凍干燥
選用冷凍干燥機進行冷凍干燥。將冷凍后的試品安瓿管放置冷凍干燥機設備烘干箱內，逐漸冷凍干燥，時長一般為8-20鐘頭。
停止干燥時間應依據以下情況判斷：
—— 安瓿管中干凍物呈酥小塊或疏松塊狀
—— 真空值貼近滿載時的zui低值
—— 試品溫度與管內溫度貼近
—— 采用1-2支對照料，其水分與菌懸液同量，視作干躁完成
—— 采用一個安瓿管，裝1-2%氯化鈷，如變深蘭色，可以看作干躁完成
冷凍干燥完成后，取下試品安瓿管放置烘干機內，預留。
6、真空封口及真空泵檢測
將安瓿管頭頸用環火苗拉細，隨后選用機械泵真空包裝，在真空泵環境下將安瓿管頭頸加溫熔封。
熔封后干燥管可采取高頻率火花放電真空泵檢測儀測量真空值。
7、儲藏
安瓿管應超低溫遮光儲藏。
8、質量檢測
冷凍干燥后提取若干支安瓿管開展各項指標查驗，如成活率、生產量、形狀基因變異、霉菌環境污染等。