日語屬於黏著語、通過在詞語上粘貼語法成分來構成句子，稱為活用，其間的結合并不緊密、不改變原來辭匯的含義只表語法功能。日語極富變化、不單有口語和書面語的區別、還有簡體和敬體、普通和鄭重、男與女、老與少的區別。不同行業和職務的人說話也不同。這個方面體現出日本社會森嚴的等級和團隊思維。日語中的敬語發達。敬語的使用使得公眾場合下的日語十分典雅。但過於繁復的語法使得學習敬語異常困難。即使土生土長的日本人也不能完全熟練掌握。同樣敬語發達的語言還有朝鮮語、蒙古語等。
日語的發音很簡單、只有五個母音音素和為數很少的輔音。加上不常用的各種發音總共只有不超過100個。和日語發音類似的有西班牙語和意大利語。一般來說、這三種語言的發音中輔音和母音的比例接近1:1
日語的辭匯十分豐富、數量龐大、大量吸收了外來語。一般辭匯（不包括人名和地名）有3萬多個（1956年）。（參看日語#日語的詞匯）和阿爾泰語系、南島語系都有密切的關系，受漢語影響很大、吸收了本來作為漢藏語系特點的聲調和量詞、因此使日語的語言學歸屬變得十分復雜。語言學家對於日語的起源存在不同的意見。
從語言學上來說，日本近乎是一個單一的民族，99%以上的人口使用同一種語言。這就是意味著日語是世界第六大語言。然而，日語在日本以外的地區很少有人使用。
關于日本語的起源有多種理論。許多學者認為，從句法上說，日語接近諸如土耳其語和蒙古語之類的阿爾泰語言。日語在句法上與朝鮮語相似是得到廣泛認可的。也有證據表明，日語詞法和詞匯在史前受到南面的馬來－波利西亞語言的影響。
一般認為，當代日本的文字體系包括起源于中國的日本漢字、平假名和片假名三部分。其中，相對于表音文字的假名，表意文字的漢字曾被稱作“真名”。雖然中國人對漢字并不陌生，但遇到諸如：“峠”、“畑”、“辻”等漢字時，還是會感到困惑。這些字是日本人創造的漢字。也許很多人不知道現在中文中所使用的“腺”字，也是由江戶時代的日本人創造的。當然日語漢字的發音同中文不同，但是可以用假名來表示，而且一個漢字通常都有多個讀音。如“木”有“き、もく、ぼく”等多個讀音。這主要有兩種情況，一種是漢字傳到日本后，這個漢字本身的漢語讀音也隨之傳入，這種讀音稱為“音讀”，如上例中的“もく、ぼく”；而日語中固有詞語假借漢字表示該意義時的讀音，成為“訓讀”。如上例中的“き”。