水母身體的主要成分是水，并由內外兩胚層所組成，兩層間有一個很厚的中膠層，不但透明，而且有漂浮作用。它們在運動時，利用體內噴水反射前進，遠遠望去，就像一頂頂圓傘在水中迅速漂游；有些水母的傘狀體還帶有各色花紋，在藍色的海洋里，這些游動著的色彩各異的水母顯得十分美麗。
有些水母不單顏色多變，而且還會在水中發光，有些閃耀著微弱的淡綠色或藍紫色光芒，有的還帶有彩虹般的光暈，當它們在海中游動時，就變成了一個光彩奪目的彩球。水母發光靠的是一種叫埃奎明的奇妙的蛋白質，這種蛋白質和鈣離子混合時，就會發出強藍光。埃奎明的量在水母體內越多，發的光就越強，每只水母平均只含有50微克。
缽水母綱的水母體體型較大，傘緣直徑一般在2-40厘米之間，個別大的種直徑可達1-2米，例如一種霞水母。傘呈圓盤形，如海月水母，或呈錐形、半圓形、蝶形等因種而異。由于體內的生殖腺或其他胃囊等結構具有色澤，而使身體在透明中出現局部的粉紅色、桔紅色等。
口腕具捕食的功能，取食時微小的食物可沿口腕溝進入海月水母中，根口水母類口腕愈合，垂唇末端的口封閉，而形成許多新的細小的吸口，用以吸食。一般在觸手、垂唇、口腕及傘的外表面分布有刺細胞。一些種類的下傘面生殖腺區向內凹陷形成生殖下窩（subgenitalpit），其功能不詳，可能與動物的呼吸有關。