水母型的體壁結構與水螅型基本相似，也是由兩層上皮肌肉細胞中間夾有中膠層構成，但水母型的中膠層遠較水螅型發達。體壁圍繞的胃循環腔也較發達，它或是一個簡單的囊，或是被膜分隔成4個胃囊，由胃囊向傘緣伸出4條（水螅綱水母）或更多的（缽水母）輻射管，并與傘緣平行的環管相連，由環管也可伸出離心的小管進入觸手，直達觸手末端。在傘緣或觸手基部有感覺器官，例如眼點或平衡囊。
不同的水母有不同的形態，水母身體的主要成分是水，其體內含水量一般可達98%以上，并由內外兩胚層所組成，兩層間有一個很厚的中膠層，不但透明，而且有漂浮作用。其他則是蛋白質和脂質所構成，所以水母的身體呈現透明狀。它們沒有心臟、血液、鰓和骨骼。普通水母的傘狀體不很大，只有20-30厘米長。它們在運動之時，利用體內噴水反射前進，就好像一頂圓傘在水中迅速漂游。
水母的傘狀體內有一種特別的腺，可以發出一氧化碳，使傘狀體膨脹。水母觸手中間的細柄上有一個小球，里面有一粒小小的聽石，這是水母的“耳朵”。由海浪和空氣磨擦而產生的次聲波沖擊聽石，刺激著周圍的神經感受器，使水母在風暴來臨之前的十幾個小時就能夠得到信息，從海面一下子全部消失了。
有些水母不單顏色多變，而且還會在水中發光，有些閃耀著微弱的淡綠色或藍紫色光芒，有的還帶有彩虹般的光暈，當它們在海中游動時，就變成了一個光彩奪目的彩球。水母發光靠的是一種叫埃奎明的奇妙的蛋白質，這種蛋白質和鈣離子混合時，就會發出強藍光。埃奎明的量在水母體內越多，發的光就越強，每只水母平均只含有50微克。