有些水母不單顏色多變，而且還會在水中發光，有些閃耀著微弱的淡綠色或藍紫色光芒，有的還帶有彩虹般的光暈，當它們在海中游動時，就變成了一個光彩奪目的彩球。水母發光靠的是一種叫埃奎明的奇妙的蛋白質，這種蛋白質和鈣離子混合時，就會發出強藍光。埃奎明的量在水母體內越多，發的光就越強，每只水母平均只含有50微克。
缽水母類的中膠層很發達，也是由蛋白質及粘多糖形成的凝膠，其中含有膠原纖維。不同于水螅水母的是中膠層中游離著外胚層起源的變形細胞，這些變形細胞對動物的再生、組織修復起重要作用。中膠層也有很大的彈性，由于它能維持及調節離子的成分及濃度，而使身體在海水中保持一定的浮力。
缽水母類的神經結構也是由外胚層形成的神經網，也具有突觸傳導。原始的種類例如立方水母類（Cubomedusae），也像水螅水母一樣，在傘緣具有兩個神經環。但多數的缽水母類已不存在這種傘緣神經環，而是神經細胞集中，形成4個或8個神經節分布在傘緣的觸手囊中。顯然，其中含有起博點神經元，因為如果切去全部的神經節，水母則失去博動的能力，如果切去部分神經節，甚至只留一個神經節，水母仍能做有節奏的收縮運動。所以神經節中含有起博點神經元，它控制著水母類的肌肉收縮運動。
在觸手囊上還有外胚層形成的小眼，原始的小眼僅是表皮細胞內陷形成的一個小窩，其中分布有色素及感覺細胞，復雜的小眼有網膜狀的感覺細胞及晶體，如立方水母類，對光線表現出正趨性。此外，在觸手囊上、下傘面有一個表皮內陷形成的外，內感覺窩（sensorypit），是其化學感受器。缽水母類的觸手囊具有敏銳的感覺能力，例如它能感受到比聲波還微弱得多的次聲波。有時風平浪靜的海面會見到水母類的聚集或成群游動，有經驗的漁民及海員會意識到幾小時之后，海面將會有風暴的來臨，這是由于空氣中的氣流及海浪的磨擦所產生的一種人不能查覺的次聲波，而水母類能感受，并提前開始了迎戰風暴的準備。因此人們把某些缽水母類看做是一種有效地預測風暴的指示生物了。仿生學家也利用了它的觸手囊結構，成功的制成了風暴預測器，能提前十幾個小時成功的預報風暴的來臨、方向、級別等。