不同的水母有不同的形態，水母身體的主要成分是水，其體內含水量一般可達98%以上，并由內外兩胚層所組成，兩層間有一個很厚的中膠層，不但透明，而且有漂浮作用。其他則是蛋白質和脂質所構成，所以水母的身體呈現透明狀。它們沒有心臟、血液、鰓和骨骼。普通水母的傘狀體不很大，只有20-30厘米長。它們在運動之時，利用體內噴水反射前進，就好像一頂圓傘在水中迅速漂游。
有些水母不單顏色多變，而且還會在水中發光，有些閃耀著微弱的淡綠色或藍紫色光芒，有的還帶有彩虹般的光暈，當它們在海中游動時，就變成了一個光彩奪目的彩球。水母發光靠的是一種叫埃奎明的奇妙的蛋白質，這種蛋白質和鈣離子混合時，就會發出強藍光。埃奎明的量在水母體內越多，發的光就越強，每只水母平均只含有50微克。
缽水母綱的水母體體型較大，傘緣直徑一般在2-40厘米之間，個別大的種直徑可達1-2米，例如一種霞水母。傘呈圓盤形，如海月水母，或呈錐形、半圓形、蝶形等因種而異。由于體內的生殖腺或其他胃囊等結構具有色澤，而使身體在透明中出現局部的粉紅色、桔紅色等。
缽水母類的神經結構也是由外胚層形成的神經網，也具有突觸傳導。原始的種類例如立方水母類（Cubomedusae），也像水螅水母一樣，在傘緣具有兩個神經環。但多數的缽水母類已不存在這種傘緣神經環，而是神經細胞集中，形成4個或8個神經節分布在傘緣的觸手囊中。顯然，其中含有起博點神經元，因為如果切去全部的神經節，水母則失去博動的能力，如果切去部分神經節，甚至只留一個神經節，水母仍能做有節奏的收縮運動。所以神經節中含有起博點神經元，它控制著水母類的肌肉收縮運動。