水母型的體壁結構與水螅型基本相似，也是由兩層上皮肌肉細胞中間夾有中膠層構成，但水母型的中膠層遠較水螅型發達。體壁圍繞的胃循環腔也較發達，它或是一個簡單的囊，或是被膜分隔成4個胃囊，由胃囊向傘緣伸出4條（水螅綱水母）或更多的（缽水母）輻射管，并與傘緣平行的環管相連，由環管也可伸出離心的小管進入觸手，直達觸手末端。在傘緣或觸手基部有感覺器官，例如眼點或平衡囊。
缽水母類的中膠層很發達，也是由蛋白質及粘多糖形成的凝膠，其中含有膠原纖維。不同于水螅水母的是中膠層中游離著外胚層起源的變形細胞，這些變形細胞對動物的再生、組織修復起重要作用。中膠層也有很大的彈性，由于它能維持及調節離子的成分及濃度，而使身體在海水中保持一定的浮力。
缽水母類的神經結構也是由外胚層形成的神經網，也具有突觸傳導。原始的種類例如立方水母類（Cubomedusae），也像水螅水母一樣，在傘緣具有兩個神經環。但多數的缽水母類已不存在這種傘緣神經環，而是神經細胞集中，形成4個或8個神經節分布在傘緣的觸手囊中。顯然，其中含有起博點神經元，因為如果切去全部的神經節，水母則失去博動的能力，如果切去部分神經節，甚至只留一個神經節，水母仍能做有節奏的收縮運動。所以神經節中含有起博點神經元，它控制著水母類的肌肉收縮運動。
缽水母類傘緣的4個或8個觸手囊也是它的神經感覺中心，它具有感光、重力感受及化學感受的功能。觸手囊是由環管向外延伸形成一個中空的小盲管，其末端具有內胚層分泌的鈣質顆粒，稱平衡石（statolith）。外傘緣在平衡囊上端延伸形成笠（hood），用以保護及遮蓋下面的平衡囊，其兩側有感覺瓣（sensorylappets），其上有感覺細胞及纖毛。當身體傾斜時，端部的結石與感覺纖毛受到刺激而引起運動以調節身體的平衡。