高新企業申報需要對研發費用進行核算和歸集，那進行加計扣除的研發費用和高新企業申報歸集的研發費用有什么差異呢？
一、委托境外研發的研發費用不同
加計扣除中對委托境外進行研發活動所發生的費用是這樣規定的，即按照費用實際發生額的80%計入委托方的委托境外研發費用，且費用實際發生額應按照獨立交易原則確定，如果委托方要申報此類費用還需要受托方提供研發項目費用支出明細情況。
高新企業申報研發費用有這樣一個規定即企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%，那反過來講就是境外發生的研發費用總額不得超過40%。
二、裝備調試費用與試驗費用的涉及
研發費用加計扣除并沒有未單獨列示這一塊的費用明細，但高新企業申報中的研發費用涉及了裝備調試費用與試驗費用包括工裝準備過程中研究開發活動所發生的費用。
三、設計費用包含內容不同
加計扣除中對設計費用的規定包括為了開展新產品設計、新工藝規程制定、新藥研制的臨床試驗、勘探開發技術的現場試驗過程中發生的各類費用。
高新企業申報中對設計費用的規定是指為新產品和新工藝進行構思、開發和制造，到完成等層層工序發生的費用，這里面包含的內容比較廣，還包括為獲得創新性、創意性、突破性產品進行的創意設計活動發生的相關費用。
四、折舊費用的不同
加計扣除中對折舊費用涉及的內容包括用于研發活動的儀器、設備的折舊費，而高新企業申報的折舊費用指的是用于研究開發活動的儀器、設備和在用建筑物的折舊費。
五、其他相關費用扣除限額不同
加計扣除對其他相關費用有相關規定，即明確了與研發活動直接相關的其它相關費用不得超過可加計扣除研發費用總額的10%，相關公告還明確了該限額的計算，每個用于加計扣除的研發項目的其他相關費用也不得超過研發費用總額的10%。
高新企業申報中對其他相關費用規定是一般不得超過研究開發總費用的20%。