高新企業(yè)申報(bào)涉及研發(fā)的方面有研發(fā)管理水平和認(rèn)定條件中的研發(fā)費(fèi)用占比情況，可以說(shuō)它是評(píng)審中影響較大的一塊，可是有些企業(yè)在進(jìn)行認(rèn)定時(shí)總會(huì)在研發(fā)這一塊出現(xiàn)問(wèn)題，具體體現(xiàn)在哪些方面呢？
（一）研發(fā)活動(dòng)問(wèn)題
研發(fā)活動(dòng)問(wèn)題一方面是企業(yè)引起的，一方面是認(rèn)定機(jī)構(gòu)導(dǎo)致的。企業(yè)的問(wèn)題是存在有些公司缺乏研發(fā)領(lǐng)域的專(zhuān)家加上研發(fā)項(xiàng)目的資源不足，導(dǎo)致開(kāi)展的研發(fā)活動(dòng)沒(méi)能順利進(jìn)行，錯(cuò)過(guò)了高新企業(yè)申報(bào)時(shí)機(jī)；認(rèn)定機(jī)構(gòu)的問(wèn)題是對(duì)企業(yè)的研發(fā)活動(dòng)難以認(rèn)定，如企業(yè)是否通過(guò)研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)在技術(shù)、工藝、產(chǎn)品（服務(wù)）方面的創(chuàng)新取得了有價(jià)值的成果，是否對(duì)本地區(qū)相關(guān)行業(yè)的技術(shù)、工藝具有推動(dòng)作用。
（二）高新企業(yè)申報(bào)研發(fā)費(fèi)用歸集問(wèn)題
1、在實(shí)際執(zhí)行中，存在一些尚未設(shè)立專(zhuān)門(mén)研發(fā)機(jī)構(gòu)的企業(yè)，這些企業(yè)在核算和歸集研發(fā)費(fèi)用沒(méi)法做到合理無(wú)誤，對(duì)可以進(jìn)行加計(jì)扣除政策的研發(fā)費(fèi)用難以確定；
2、工作指引中較明確規(guī)定了直接投入的開(kāi)支范圍，但企業(yè)實(shí)際操作中會(huì)出現(xiàn)研發(fā)費(fèi)中的材料費(fèi)品種繁多，部分領(lǐng)料單上亦未寫(xiě)明具體用于什么研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的情況；
3、很多進(jìn)行高新企業(yè)申報(bào)的企業(yè)特別是中小型企業(yè)并沒(méi)有獨(dú)立設(shè)置研發(fā)費(fèi)用科目，就將發(fā)生的研發(fā)費(fèi)分別記錄在不同的會(huì)計(jì)科目上，導(dǎo)致無(wú)法核算研發(fā)項(xiàng)目的研發(fā)費(fèi)用。
（三）委托研發(fā)費(fèi)用真實(shí)性難以核實(shí)。
企業(yè)研發(fā)費(fèi)用稅前扣除有規(guī)定，如果企業(yè)委托給外單位進(jìn)行研發(fā)，受托方應(yīng)提供該研發(fā)費(fèi)用支出明細(xì)情況。但受托方提供資料的真實(shí)性難以保證，稅務(wù)部門(mén)如果不進(jìn)行延伸檢查，就無(wú)法辨別真實(shí)性。特別是當(dāng)受托方為異地注冊(cè)的企業(yè)，稅務(wù)部門(mén)會(huì)受行政管轄權(quán)的限制。
產(chǎn)生上述問(wèn)題的原因是多方面的，企業(yè)要對(duì)研發(fā)的相關(guān)問(wèn)題進(jìn)行討論并及時(shí)解決，確保企業(yè)的財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)合理準(zhǔn)確，證實(shí)企業(yè)的研發(fā)能力水平符合高新企業(yè)申報(bào)的標(biāo)準(zhǔn)要求。