高新企業申報失敗的原因方方面面，小的方面無非就是一些細節問題，如填寫信息錯誤或者提交材料不正確等，大的方面來講主要是以下幾大類容易失分：
一、知識產權不達標
1、高新認定規定企業申報的知識產權數量須為1個I類專利或者6個II類專利，可是有的企業申請了但審核不通過，或者審核周期趕不上申報時間，如發明專利通過要1年半到3年的時間，這種情況就導致知識產權不達標。
2、有的企業本身不具備申請發明專利的能力，但礙于高新企業申報日期將近，就大量申請含金量不足的II類專利，如大量使用軟件著作權，從而導致知識產權在質量審核上失分；
3、有的企業純粹為了申報高新企業而申請知識產權，根本不理會知識產權和高新認定的關聯性，如申請的一些軟件著作權與研發項目和產品的關鍵技術完全不搭界，只是為了湊上數量要求，這就導致高新企業申報時知識產權評分不高。
二、科技成果與最終產品關聯性低
1、企業科技成果與最終產品應用不一致，企業對兩者之間的關聯性描述也甚少；
2、科技成果轉化的相關資料，如成果來源或者轉化形式來源的報告分析不得當，產品與成果之間關聯度不清晰，存在部分企業“強行轉化”的情況，導致知識產權跟項目和產品嚴重不匹配，成果與產品幾乎無關聯，從而影響了評分。
目前對科技成果轉化能力的打分是由技術專家對企業科技成果轉化的總體情況進行綜合評價，沒有明確統一的衡量標準，企業要想得高分，只能說從評分細則入手，提高成果和最終轉化產品的關聯度，提高轉化能力，這樣進行高新企業申報時分數自然會高；
這里建議在進行高新企業申報前盡量增加科技成果總數，提供科技成果與最終轉化的產品（服務）、工藝、樣品、樣機等在技術上存在關聯性，合同、發票、檢測報告等直接有力的證明；（高新認定的其他辦法：/product/gxrd.html）
三、團隊缺乏實操經驗
1、數據顯示，對于中小型企業和初次進行高新企業申報的公司來說，對具體政策和申報過程不夠了解，所以導致編寫申報材料經驗不足；
2、團隊缺乏實操經驗，不清楚材料具體應該怎么準備，比如：研發人員不清楚研發項目怎么歸集，缺乏科學的規劃和安排，照搬專利說明書；
3、財務人員未設置研發支出輔助賬，報表前后的數據不一致；沒有對企業審計報表與納稅申報表不一致做出說明；科技成果佐證材料過于簡單，對產品描述不清，造成專家判斷認定不，影響申報結果。
高新企業申報本來講究細節，統觀全體，如果企業因種種原因而錯過申報，不僅不能享受三年的稅收政策還將無法享受國家的補貼，所以要記住在高新企業申報前一定要規劃得當、準備充分！